Uma das formas mais fáceis e diretas de criar uma pendrive bootável utilizando uma imagem iso na linha de comando é utilizando o comando dd, conforme sintaxe abaixo:
dd if=/caminho/da/image/iso of=/dev/onde/estiver/o/pendrive && sync
Um exemplo real:
dd if=debian-8.0.0-amd64-netinst.iso of=/dev/sdd1 && sync
Importante. Se o pendrive estiver sendo utilizado/montado, é necessário primeiro desmontar a unidade para efetuar o processo com sucesso. Isto pode ser feito com o comando umount /dev/onde/estiver/o/pendrive-montado