Para excluir um usuário no Linux, utiliza-se o comando userdel. É necessário poderes de root para esta operação.
userdel USUARIO
Este comando vai remover o usuário, mas não vai excluir seu diretório HOME, deixando intacto os arquivos nesta pasta.
Para excluir o usuário e seu diretório HOME, é necessário usar o parametro -r:
userdel -r USUARIO