Uma das formas de evitar alteração de arquivos e diretórios no Linux, para que ninguém (nem mesmo o root) possa alterá-lo e nem mesmo excluí-lo é utilizando o sistema de permissão.
Para fazer isto, basta:
Bloquear um arquivo:
chattr +i arquivo
Bloquear um diretório:
chattr +i diretorio/
Liberar um arquivo:
chattr -i arquivo
Liberar um diretório:
chattr -i diretorio/
QUando um arquivo estiver bloqueado, nenhum usuário incluindo o root terá a capacidade de alterar o arquivo. Para efetuar qualquer alteração, será necessário desbloquear o arquivo.