Caso você deseje copiar somente uma estrutura de diretórios para dentro de uma pasta, sem copiar os arquivos que estão dentro desta estrutura, é simples. Basta você ir até a pasta onde está localizada a estrutura que você deseja copiar e digitar o seguinte comando:
find -type d -links 2 -exec mkdir -p "/path/to/backup/{}" \;
Em que /path/to/backup é o caminho da pasta de destino, para onde você deseja copiar a estrutura de diretórios.