Existem várias maneiras de obter uma lista de todos os subdiretórios existem um determinado diretório no Linux.
Iremos apresentar uma das formas que é utilizando o comando find. Para isto basta:
//Obter a lista de subdiretórios do diretório corrente find . -type d //Obter em txt a lista de subdiretórios do diretório corrente find . -type d > lista.txt //Se desejar obter a lista, excluindo algum padrão de nome de subdiretório find . -type d ! -name "~DIRETORIO_EXCLUIR" > lista.txt