Uma das formas de desabilitar um usuário do Linux pelo terminal é através do comando usermod.
Para isto, basta:
usermod -L -e 1 USUARIO_A_SER_DESABILITADO
Este comando será responsável por verificar o arquivo que armazena a senha, (Antigo padrão: /etc/passwd ou Novo padrão: /etc/shadow) e adicionará um sinal de exclamação ‘!’ antes da senha, indicando que a conta está desativada.