O final de linha padrão DOS / Windows é diferente do padrão Unix. E para converter com quebra de linha no Linux de um arquivo do padrão DOS para o padrão utilizado pelo Linux é simples. Existem diversos métodos, mas apresentaremos abaixo o que julgamentos mais simples.
tr -d '\r' < NOME_DO_ARQUIVO_DE_ENTRADA > NOME_DO_ARQUIVO_DE_SAIDA
Prestem muita atenção que os simbolos < e > fazem parte do comando.