Com a atualização do Apache 2.2 para 2.4, como ocorreu do Debian 8 Jessie para o Debian 9 Stretch, um erro comum que passou a acontecer foi: “Client denied by server configuration”.
Isto acontece por conta de uma mudança na sintaxe dos arquivos de configuração do virtualhost.
Basta substituir em todos os arquivos de configuração de virtualhost, a seguinte construção:
Order Deny,Allow Deny from all
Por:
Require all granted
Caso tenha alguma módulo, como por exemplo o FPM, é necessário acessar o arquivo de configuração e fazer a mesma alteração. O módulo FPM tem como arquivo de configuração o /etc/apache2/conf-available/php5-fpm.conf