É comum ao atualizar o Apache2.2 para o Apache2.4, todos os virtual hosts pararem de funcionar, simplesmente carregando a página raiz, independente do virtual hosts chamado. E como este tipo de atualização citada do Apache é feito do Debian 7 Wheezy para o Debian 8 Jessie.
Com isto, vários servidores ao serem atualizados, apresentam este problema, que para ser solucionado, pode ser feito de duas maneiras.
A primeira é alterando o arquivo /etc/apache2/apache2.conf e procurando a linha:
#Include the virtual host configurations: IncludeOptional sites-enabled/*.conf
Alterando para:
#Include the virtual host configurations: IncludeOptional sites-enabled/*
A segunda forma e mais indicada é alterar o nome de todos os arquivos existentes em /etc/apache2/sites-enabled para terminarem com .conf.