Com a atualização do Debian 8 Jessie para o Debian 9 Stretch, o Apache padrão deixou de ser o 2.2 e passou a ser o Apache 2.4.
E uma alteração importante no que tange a virtualhost, é que agora é necessário adicionar em /etc/apache2/site-enabled a extensão .conf aos arquivos para que seja ativado os arquivos de configuração de virtual host.
Caso queira mudar e evitar esta extensão, é necessário alterar o arquivo /etc/apache2/apache2.conf e procurar por site-enabled/*.conf e alterar para site-enabled/* e salvar o arquivo, reinicializando o apache.
# Include the virtual host configurations: IncludeOptional sites-enabled/*.conf
Deveria ser modificado para
# Include the virtual host configurations: IncludeOptional sites-enabled/*
Da mesma forma, ao adicionar .conf aos arquivos de /etc/apache2/site-enabled/, é necessário reinicializar o apache para que as alterações surtam efeito.