Para efetuar o fechamento de uma conexão com o banco de dados utilizando o PDO, basta destruir a variável que contém o objeto PDO. Com isto, o gerenciamento automático do PDO entenderá que pode fechar a conexão com o banco de dados.
//Abre conexao com o banco de dados $conn = new PDO("mysql:dbname=$dbname;host=$servername",$username,$password); //Executa todas as operacoes necessarias [...] //Fecha conexao com o banco de dados $conn = null; //ou unset($conn); //ou $conn = "Qualquer coisa"; //Mas é uma prática que deixa o código confuso
Qualquer das forma de exclusao/destruição acima apresentadas, irão efetuar o fechamento da conexão com o banco de dados mantida por aquele objeto PDO específico.