Este é um recurso rápido e prático, mas é bom lembrar que existem diversos bom softwares específicos para isto.
No entanto, indicaremos duas formas:
Debian / Ubuntu
avconv -f x11grab -show_region 1 -video_size hd720 -framerate 24 -i :0.0 -threads 2 -q 1 -bt 8000000 -b 8500000 ~/meu_video_salvo_area_trabalho.mpg
Para demais distro, indicamos:
ffmpeg -f x11grab -s wxga -r 25 -i :0.0 -sameq ~/meu_video_salvo_area_trabalho.mpg