O problema se resume a diferença de versão relatada pelo PHP executado no console e o executado pelo servidor web.
Quando se roda o phpize, é devolvido uma informação de versão do PHP(neste caso, o do console). Mas quando verificado pelo retorno da função phpinfo() acessado pelo webserver, verifica-se diferença nas versões.
Este problema é ocassionado por estar com o pacote php-dev.deb em uma versão diferente do resto do php.
Para efetuar a correção, basta atualizar os pacote e o problema será resolvido.