Existem várias formas de ler um arquivo linha a linha utilizando a linha de comando e executar uma operação sobre cada uma delas.
Abaixo um exemplo de como fazer isto via console:
while read line; do echo -e "$line\n"; done < arquivo.txt
Com isto, cada linha lida do arquivo.txt será apresentada na tela.
Caso queira por exemplo executar uma operação de grep do texto de cada linha de um arquivo em um diretório, basta:
while read line; do grep --line-number "$line" diretorio_alvo_aqui >> arquivo_com_o_resultado.txt ; done < arquivo_de_entrada_cujo_textos_de_cada_linha_serao_procurado_no_diretorio_alvo.txt