É um erro de Timeout na operação de gravação de dados no MySQL, apresentado geralmente em restaurações de backups.
Um das possíveis forma de resolver é alterado a configuração do MySQL no arquivo my.cnf, que em geral nas distribuições Debian-like ficam em /etc/mysql/.
Altere valores na seção [mysqld] para:
max_allowed_packet = 64M
wait_timeout = 6000
Após, salve o arquivo e recarregue as configurações do MySQL:
/etc/init.d/mysql reload
ou
service mysql reload