Para remover bytes finais de um arquivo sem a necessidade de duplicá-lo no PHP é possível utilizando a função ftruncate:
Abaixo, um exemplo de uso onde serão removidos os últimos 1024bytes do arquivo.
<?php $arquivo = "/caminho/para/o/arquivo"; $handle = fopen($arquivo, 'r+'); ftruncate($handle, filesize($arquivo) - 1024); fclose($handle);