No Debian, assim como em outras distribuições, existe um módulo chamado suhosin, responsável por gerar mais segurança/proteção a execução do php num servidor.
Este mesmo módulo é quem é o responsável por fazer com que ao se tentar executar um arquivo .phar, no console ou no apache2, não se obtenha qualquer resultado ou sucesso na operação. O motivo é que este módulo, da maneira como vem configurado, bloqueia a execução deste tipo de arquivo..
Para permitir o acesso e a execução de arquivos .phar, é necessário ir em:
/etc/php5/conf.d/suhosin.ini
E na linha
;suhosin.executor.include.whitelist=
Retirar o comentário ‘;’ e adicionar a permissão de execução de arquivo do tipo phar da seguinte maneira:
suhosin.executor.include.whitelist=”phar”
Deste modo passará a funcionar, tanto no modo de execução via console, como via apache2. Sugiro na questão do apache2 reiniciá-lo para recarregar as configurações alteradas.