Para configurar um teclado ABNT2 (ou qualquer outro mapa de teclado) no Linux via linha de comando, basta usar o comando setxkbmap, que faz parte do pacote zsh-common. Este comando possui diversas opções, mas no caso da configuração específica do layout ABNT2, usaremos as seguintes opções:
setxkbmap -model pc105 -layout br -variant abnt2
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Caso queira configurar no Gnome, veja como clicando neste link.