Uma das formas de obter um screenshot no Fluxbox é utilizando os recursos do programa imagemagick.
O primeiro passo é verificar se este programa está instalado. Não estando, basta instalá-lo. No Debian / Ubuntu e seus derivados, basta:
aptitude install imagemagick
No Gentoo, basta (verificar se as flags X e png estão habilitadas):
emerge -av imagemagic
Em seguida, digite no console:
import screenshot.png
Em seguida, clique na janela que deseja tirar um screenshot ou selecione uma parte da tela marcando com o mouse, para que seja obtido uma imagem desta parte marcada da tela.