Para desabilitar temporariamente todas as verificações de chaves estrangeiras no MySQL, via linha de comando, basta:
mysql -u <usuario> -p
Em seguida, acesse o banco de dados desejado
use <banco_de_dados_desejado>;
Para desativar todas as chaves estrangeiras, execute o comando:
SET FOREIGN_KEY_CHECKS=0;
Para ativar, use o comando:
SET FOREIGN_KEY_CHECKS=1;