Primeira coisa a verificar é o log de erro do MySQL. Em sistemas baseados em Debian, basta:
# tail -f /var/log/mysql/error.log
Caso o erro seja Can’t init tc.log, como o exemplo abaixo:
2017-06-25 10:01:16 139731780694592 [Note] Recovering after a crash using tc.log 2017-06-25 10:01:16 139731780694592 [ERROR] Can't init tc log 2017-06-25 10:01:16 139731780694592 [ERROR] Aborting
Basta acessar /var/lib/mysql e em seguida:
mv tc.log tc.log.bkp
Em seguida, reinicialize o MySQL.
/etc/init.d/mysql restart