Um das formas de resolver a mensagem ERROR 2006 (HY000): MySQL server has gone away

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É um erro de Timeout na operação de gravação de dados no MySQL, apresentado geralmente em restaurações de backups.

Um das possíveis forma de resolver é alterado a configuração do MySQL no arquivo my.cnf, que em geral nas distribuições Debian-like ficam em /etc/mysql/.

Altere valores na seção [mysqld] para:
max_allowed_packet = 64M
wait_timeout = 6000

Após, salve o arquivo e recarregue as configurações do MySQL:

/etc/init.d/mysql reload

ou

service mysql reload
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