Para efetuar a atualização o contador de taxonomies( categorias / tags ) via SQL, diretamente no banco de dados MySQL, basta executar o código abaixo no banco de dados do WordPress desejado:
UPDATE wp_term_taxonomy SET count = ( SELECT COUNT(*) FROM wp_term_relationships rel LEFT JOIN wp_posts po ON (po.ID = rel.object_id) WHERE rel.term_taxonomy_id = wp_term_taxonomy.term_taxonomy_id AND wp_term_taxonomy.taxonomy NOT IN ('link_category') AND po.post_status IN ('publish', 'future') )